Año 1944, tras la victoria de Franco. La niña Ofelia (Ivana Baquero) y su madre, Carmen (Ariadna Gil), convaleciente a causa de un avanzado estado de gestacion, se trasladan hasta un pequeño pueblo en el que se encuentra destacado el nuevo marido de esta, Vidal (Sergi Lopez), un cruel capitan del ejercito franquista por el que la niña no siente ningun afecto. La mision de Vidal es acabar con los ultimos vestigios de la resistencia republicana que permanecen escondidos en los montes de la zona. Tambien alli se encuentra Mercedes (Maribel Verdu) -una joven que se encuentra a cargo de los demas miembros del servicio- y el doctor (Alex Angulo) que se hara cargo del delicado estado de salud de Carmen. Una noche, Ofelia descubre las ruinas de un laberinto y alli se encuentra con un fauno (Doug Jones), una extraña criatura que le hace una increible revelacion: Ofelia es en realidad una princesa, ultima de su estirpe, a la que los suyos llevan mucho tiempo esperando. Para poder regresar a su magico reino, la niña debera enfrentarse a tres pruebas que poco a poco ira superando...