No hubo ninguna señal antes de que sucediera. Una catastrofe de escala y magnitud inigualables abrumo al planeta entero. Este suceso, que la historia clasifico como "Segundo Impacto", provoco la muerte de la mitad de la poblacion de la Tierra y dejo claros vestigios de destruccion en numerosos lugares del mundo. Cuando la gente empieza a pensar que la vida va a volver a ser mas tranquila y mundana, un chico de 14 años, Shinji Ikari, llega a Tokio 3 convocado por su padre, y espera a que alguien venga a buscarle.

En ese instante, inesperadamente, una enorme forma humana surge de detras de una montaña cercana y entra en su campo visual. Los gigantes reciben el nombre en clave de "Angeles", aunque no se sabe mucho de ellos. Las Fuerzas Armadas de las Naciones Unidas inician de inmediato desesperadas maniobras de combate. El intercambio de fuego pone a Shinji en peligro, pero una mujer, que se identifica como Misato Katsuragi, le salva la vida.