Tras las mil vicisitudes de la primera parte los animales del zoo de Nueva York continuan en Madagascar soñando con volver a su casa de Central Park. Para conseguirlo, los neoyorquinos han ideado un plan tan loco que puede que funcione. Con precision militar, los pingüinos han “casi reparado” un viejo avion accidentado. Una vez que despega el primer vuelo de la compañia “Aerolineas Pingüino”, la insolita tripulacion consigue permanecer en vuelo el tiempo suficiente como para llegar al lugar mas salvaje de todos: las inmensas llanuras africanas, donde los animales se encontraran por primera vez con miembros de su especie.